O Museu Magüta é o primeiro museu indígena criado no Brasil. A sua história se inicia em 1985, quando uma equipe de pesquisadores do Museu Nacional sob a coordenação do professor João Pacheco de Oliveira, juntamente com as principais lideranças do CGTT, criaram o Centro de Documentação e Pesquisa do Alto Solimões.
No princípio, o prédio do Museu foi construído com o objetivo de mobilização das lideranças, para reuniões das lideranças, para elaboração de documentos, para buscar uma alternativa dos seus interesses. O ponto de mobilização mais forte era sobre a demarcação da Terra, e na época tiveram como apoio o antropólogo João Pacheco de Oliveira, que era do Museu Nacional e estava fazendo a sua pesquisa junto com os Tikunas. E como ele fazia pesquisa sobre a cultura dos Ticuna, João Pacheco fez um projeto para construção de um prédio junto com as lideranças, assim foi construído o prédio, no começo era chamado “Centro Magüta, ou Centro de Documentação e Pesquisa do alto Solimões.
Já feito o prédio, as lideranças faziam suas reuniões, de quinze em quinze dias, ou mensalmente, articulavam-se sobre projetos, nesse momento o movimento das lideranças foi crescendo e houve conquistas. Foi um momento também onde muitos políticos da região não aceitavam esse progresso, e não gostavam do prédio na Cidade, pois os mesmos pensavam que os Ticunas queriam tomar o Município, mas não era esse o objetivo.
As lideranças se mobilizavam, com seus apoiadores elaboravam documentos para as instituições do governo, para a FUNAI, para o governo do Estado, para Presidente da República, no entanto tiveram muito êxito, nesse momento tiveram conquistas, como: demarcação das terras, conquista da saúde, conquista da educação. Esse foi os primeiros momentos após a construção do prédio Centro Magüta. As lideranças tiveram também apoio de outros pesquisadores de diferentes lugares, nacionais e estrangeiros. Foi importante o apoio do CIMI-Conselho Indigenista Missionário, que ajudava na mobilização das lideranças indígenas Ticuna do Alto Solimões.
Depois das mobilizações e conquistas, houve um intervalo, e foi um período onde muitos materiais culturais foram vistos, como os artesanatos, os artefatos, que eram importantes no uso da cultura Ticuna, onde surgiu uma ideia, e foi pensado em transformar o local em um Museu. Desta forma em 1991 o prédio se tornou um Museu, e junto as lideranças com os apoiadores chamaram o prédio de Museu Magüta, que significa o Povo Pescado, então o Museu Magüta é o Museu do Povo Pescado, a memória do povo Ticuna, o povo mais numeroso do Brasil. Assim foi criado o Museu Magüta, uma ação das lideranças e mostra para a sociedade envolvente a sua cultura viva, sua tradição, sua sabedoria, para que seja reconhecido e respeitado.
O museu tem como finalidades coletar informações e dados culturais do povo ticuna, manter um banco de registro da cultura material (utensílios, arte, artesanato, documentos orais e escrito), criar oficinas de resgate e aprendizagem da cultura material tradicional, contribuir para o fortalecimento do associativismo e cooperativismo das entidades sociais e culturais do povo ticuna, e impulsionar a geração de trabalho e renda através do fortalecimento da cadeia da produção cultural, entre outras.
O museu funciona como centro de referência para o Povo Ticuna. Participou de forma direta e ativa de todos os acontecimentos importantes na história recente dos ticunas: na implantação de um atuante movimento de professores indigenas, na criação de uma escola indígena diferenciada, na formação de monitores de saúde, na demarcação topográfica das terras indígenas e em programas de desenvolvimento sustentável, assim como no treinamento de indigenas no registro em vídeo e em informática.
Recentemente, devido a importância que reveste o Museu Magüta, foi reconhecido como de utilidade pública, pela prefeitura municipal de Benjamin Constant, pelo seu valor histórico, artístico, etnográfico, antropológico, cultural, material, científico e pedagógico.